手术室应与手术部相连，不在一楼和顶楼，而与ICU在同一楼层，以缩短运输距离，保障患者安全。同时毗邻血库、病理科、供应室等医疗科室。，方便工作联系，快捷。根据功能和隔离的要求，可分为三个区域，有多个通道，三个区域之间有隔离门，严格区分医务人员、患者和干净、脏物品的通道，并有明显的标识。

净化手术室设在洁净区，净化手术室按净化等级顺序设置。ⅰ、ⅱ类手术室净化应设在干扰较小的区域，感染手术室应设在洁净区入口处，或可直接与外部走道相通。手术室的墙面、地面、天花板应采用光滑、耐酸碱、无缝的防火材料。拐角是弯曲的，以防止灰尘积聚，便于清洁。手术室门要宽，无门槛，方便平板车进出。应使用感应门或电动门来维持手术室的正压。没有外窗，插座、开关、医药柜、物品柜、写字台应嵌入墙内。